La estructura organizativa del IAFA está compuesta por los siguientes órganos: Junta Directiva, Dirección General, Auditoría Interna, Servicios Jurídicos, Desarrollo Institucional, Área Técnica y Área de Apoyo.
Modernización del estado
Aprobado por MIDEPLAN en oficio DM-212-97 del 10 de marzo de 1997